La Facultad de Ciencias Económicas y Empresariales y la Escuela Técnica Superior de Ingeniería Industrial, Informática y de Telecomunicación (ETSIIIT) son los dos primeros centros de la Universidad Pública de Navarra (UPNA) en obtener la acreditación institucional del Consejo de Universidades, el órgano ministerial encargado de la coordinación académica a nivel estatal. Esta acreditación institucional, que certifica la implantación de un Sistema de Garantía Interna de Calidad (SGIC) orientado a la mejora continua de la formación que se ofrece al alumnado, conlleva también la renovación de la acreditación de cada uno de los títulos de grado y máster universitario adscritos a estos centros por un periodo de seis años, sin necesidad de someterse a un control externo individual.
Para obtener esta acreditación es necesario superar la auditoría realizada por la Agencia Nacional de Evaluación de la Calidad y la Acreditación (ANECA) a través del Programa AUDIT, proceso que se desarrolla en dos fases. En primer lugar, se examina el diseño del SGIC como sistema de gestión universitaria, consiguiendo la UPNA en diciembre de 2020 la certificación de este diseño para todas sus escuelas y facultades. Posteriormente, se certifica la implantación del SGIC en cada uno de los centros universitarios. Al margen de la acreditación institucional ya conseguida en los dos centros referidos, la UPNA continúa con su objetivo estratégico de extender el Programa AUDIT a todos sus centros y la ANECA está realizando actualmente las correspondientes auditorías para certificar la implantación del SGIC en otros tres